El organigrama del museo está estructurado a través de cinco estamentos encabezados por la Dirección del MRM, seguido por el área de administración y relaciones interinstitucionales, así como del área profesional y técnica, que es responsable de acciones de Mediación y Educación, así como de la coordinación de visitas guiadas. Igualmente es responsable de la gestión de Colecciones, a través de la documentación y registro, e incluye la programación de actividades de extensión, como de investigación y divulgación, sean internas o externas.
La atención a público es desarrollada por el estamento de auxiliares, quienes también desarrollan visitas guiadas de grupos en las diversas áreas temáticas del museo:
Salas de Época
Salas de Historia
Salas de Exposiciones Temporales
Por último, se informa a la comunidad que a contar del año 2020 se incorpora el estamento de seguridad, conformando así el equipo de trabajo del Museo Regional de Magallanes.
